104 papers
Systeembiologie kijkt niet naar losse onderdelen van het leven, maar naar hoe al die delen samenwerken als één groot, dynamisch geheel. In plaats van alleen genen of eiwitten te bestuderen, proberen onderzoekers in dit veld de complexe netwerken te begrijpen die cellen en organismen in stand houden. Het is de kunst om het grote plaatje te zien, waar duizenden interacties samenwerken om leven mogelijk te maken.
Op Gist.Science volgen we nauwgezet elke nieuwe preprint op bioRxiv binnen deze discipline. Wij verwerken elk onderzoek direct na publicatie en bieden zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat zowel leken als experts de inzichten kunnen benutten. Hieronder vindt u de meest recente bijdragen aan dit snel evoluerende veld, direct van bioRxiv en nu voor u uitgelicht.
Door middel van computermodellen toont dit onderzoek aan dat het screenen op genezing cruciaal is om te bepalen of een terugkeer van tuberculose wordt veroorzaakt door resterende replicerende bacteriën of door niet-replicerende bacteriën in necrotisch weefsel, wat belangrijke implicaties heeft voor de keuze van antibiotica.
Dit artikel introduceert een landschapsbenadering die de universele dynamica van Turing-patronen beschrijft als een potentiaalstroom, waardoor complexe reactie-diffusiesystemen kwantitatief kunnen worden gemodelleerd en toegepast op biologische processen zoals de SOX9-expressie tijdens de vorming van vingers.
Dit onderzoek toont aan dat orchardmanagementpraktijken, met name het gebruik van houtsnippers, de microbiomen van citruswortels en -rhizosfeer herstructureren, wat leidt tot functionele veranderingen die de plantprestaties negatief beïnvloeden.
Deze studie introduceert het Kidney Genetic Disease Cell Atlas, een resource die door middel van single-cell analyse en ruimtelijke transcriptomics de celtype-specifieke mechanismen van niergerelateerde genetische risico's in kaart brengt en ziekte-specifieke therapeutische doelwitten identificeert.
NovoGlyco is een modulair, ongericht glycoproteomics-platform dat de diversiteit aan eiwitglycosylering in prokaryoten, inclusief tot nu toe onbekende structuren zoals die in Campylobacter fetus, succesvol in kaart brengt door middel van geavanceerde massaspectrometrie-gegevensanalyse.
Deze studie identificeert via diepe kwantitatieve fosfoproteomica een nieuw, niet-canonisch zure stress-signaleringsnetwerk in gist dat onafhankelijk werkt van de bekende TORC2- en PKC-paden en voornamelijk wordt gemedieerd door de caseïnekinase Yck1.
Deze studie ontwikkelt een deterministisch wiskundig model om de dynamiek van HIV-infectie te analyseren en de effectiviteit van therapieën die gericht zijn op Tat-inhibitoren te evalueren voor het optimaliseren van strategieën voor een functionele genezing.
Dit onderzoek toont aan dat drugstolerante persisters (DTPs) geen uniforme cellulaire toestand zijn, maar heterogene populaties met ion-kanaal-remodellering en verhoogde gevoeligheid voor ferroptose, wat een verschuiving vereist van celtypespecifieke naar landschapsgerichte behandelstrategieën.
Deze studie introduceert bacSCP, een proof-of-concept protocol voor single-cell proteomics van bacteriën dat, ondanks analytische uitdagingen zoals de celwand en lage eiwitgehalten, de haalbaarheid aantoont om proteïne-heterogeniteit en stressresponsen in individuele bacteriële cellen te kwantificeren.
Dit artikel introduceert CausalFlux, een nieuwe methode die bidirectionele feedback tussen genen en metabolieten modelleert om de voorspelling van metabole fluxen en groeifenotypes in bacteriën significant te verbeteren ten opzichte van eerdere eenrichtingsbenaderingen.