135 papers
Systeembiologie kijkt niet naar losse onderdelen van het leven, maar naar hoe al die delen samenwerken als één groot, dynamisch geheel. In plaats van alleen genen of eiwitten te bestuderen, proberen onderzoekers in dit veld de complexe netwerken te begrijpen die cellen en organismen in stand houden. Het is de kunst om het grote plaatje te zien, waar duizenden interacties samenwerken om leven mogelijk te maken.
Op Gist.Science volgen we nauwgezet elke nieuwe preprint op bioRxiv binnen deze discipline. Wij verwerken elk onderzoek direct na publicatie en bieden zowel een toegankelijke samenvatting in gewone taal als een gedetailleerde technische analyse, zodat zowel leken als experts de inzichten kunnen benutten. Hieronder vindt u de meest recente bijdragen aan dit snel evoluerende veld, direct van bioRxiv en nu voor u uitgelicht.
Dit artikel introduceert ChatGEM, een agentisch platform dat natuurlijke taal en retrieval-augmented generation gebruikt om genoombrede metabole modellering te democratiseren, waardoor onderzoekers zonder computationele expertise complexe simulaties kunnen uitvoeren en succesvol optimale microbiële stammen voor bioproductie kunnen identificeren.
Deze studie identificeert specifieke architecturen van genregulerende netwerken, waaronder volledig gedisconnecteerde structuren en structuren met zelfactivatie of universele inhibitie, die theoretisch in staat zijn om multi-fate cellulaire beslissingen te ondersteunen door de gelijktijdige stabiliteit van alle enkelvoudige hoge toestanden.
Deze studie maakt gebruik van een kinoombrede CRISPR/Cas9-knockout-screen in een vasopressine V2-receptor-signaleringsmodel om kritieke positieve en negatieve proteïnekinase-regulatoren te identificeren, waarbij bekende spelers zoals PKA en nieuwe factoren zoals Dyrk1a en Stk11/LKB1 worden onthuld die de AQP2-expressie moduleren via onderscheidende mechanismen betrokken bij celdifferentiatie en CRTC-proteïneregulatie.
HetNetEX is een nieuwe methode die de rekenintensieve en resolutiebeperkte permutatiegebaseerde XSwap-aanpak vervangt door een exacte analytische inferentietechniek om efficiënt significantie voor connectiviteit in heterogene biomedische kennisgrafen te berekenen.
Dit artikel toont aan dat het falen van standaard normale perturbatiekernen in hoogdimensionale ABC-SMC wordt veroorzaakt door de combinatie van door samenvattende statistieken geïnduceerde covariantie-overinflatie en dimensiegestuurde stapgrootte-overconcentratie, en stelt de Cauchy-kern voor als een robuust standaardalternatief dat positieve acceptatiepercentages behoudt en de nauwkeurigheid van de posterieure benadering ongeacht de dimensie aanzienlijk verbetert.
Dit artikel presenteert een systematisch gecureerde en gestandaardiseerde update van het MitoCore menselijke metabole model, die de kwaliteit van de annotatie en de compatibiliteit met eiwit-geconstraineerde modellering aanzienlijk verbetert, waardoor de nauwkeurigheid van ziektegerelateerde metabole voorspellingen wordt verbeterd en een kader voor toekomstige geautomatiseerde updates wordt vastgesteld.
Door multi-omics profilering te integreren met enhancer-promoter interactie-mapping in het LUHMES-model, verheldert deze studie de gecoördineerde regulatoire netwerken die de menselijke dopaminerge neuron differentiatie aansturen, waarbij cruciale transcriptiefactoren zoals MYT1, ISL2 en NHLH2 worden geïdentificeerd als essentiële rijping-drivers en LCOR als een negatieve regulator.
Deze studie maakt gebruik van chemoproteomica om nieuwe ppGpp-bindende targets in planten en cyanobacteriën te identificeren, waarbij onderscheidende regulatiemechanismen worden onthuld, zoals de inhibitie van pyrimidine-metabolisme in chloroplasten en de activatie van glycogeensynthese en carboxosoomaggregatie in cyanobacteriën, waardoor ons begrip van hoe fotosynthetische organismen zich aanpassen aan omgevingsstress wordt uitgebreid.
Het artikel introduceert Dis2Vec, een framework voor representatieleer dat biologisch gefundeerde ziekte-embeddings genereert uit genetische en fenotypische gegevens om systematische kennisherbestemming mogelijk te maken, de voorspellingen van therapeutische overdraagbaarheid voor investeringsbeslissingen te verbeteren en ongecontroleerde clustering van zeldzame en niet-zeldzame ziekten te faciliteren.
Deze longitudinale plasma-proteomicsstudie identificeert een reproduceerbare sequentiele cascade van vijf eiwitten, geleid door de IL-33/ST2-as en culminerend in myometriale contractiele eiwitten, die dient als de moleculaire trigger voor het spontaan begin van de menselijke bevalling.