138 papers
Dit onderzoek gebruikt agent-based modeling om de progressie van idiopathische longfibrose te simuleren en de effectiviteit van pirfenidone en pentoxifylline, zowel afzonderlijk als gecombineerd, te evalueren voor het verbeteren van behandelbeslissingen.
Dit onderzoek toont aan dat chemotypen, afgeleid van FTIR-spectroscopie en machine learning bij *Drosophila melanogaster*, dienen als voorspellende proxies voor genetische, fysiologische variatie en stressrespons.
Dit artikel benadrukt de noodzaak van analytische standaardisatie in de proteomica voor kweekvlees en presenteert gevalideerde werkwijzen die, door het optimaliseren van sample-preparatie en LC-MS-parameters, betrouwbare en vergelijkbare data mogelijk maken voor productontwikkeling en veiligheidsbeoordeling.
Deze studie introduceert BARMIX, een schaalbaar platform dat DNA-barcoded celmengsels en een probabilistisch raamwerk combineert om resistentie tegen behandelingen bij gastro-intestinale stromale tumoren (GIST) nauwkeurig te kwantificeren en zo de ontwikkeling van gepersonaliseerde therapieën mogelijk maakt.
Dit onderzoek toont aan dat het verdelen van elasticiteit over de vliegspier van insecten een strategie is met gematigd risico maar hoog rendement, waarbij goed afgestemde verdelingen het resonantiebereik meer dan viermaal kunnen vergroten en zo de efficiëntie en manoeuvreerbaarheid van de vlucht optimaliseren.
In dit onderzoek wordt het eerste pangenoom-gebaseerde metabole model van *Xylella fastidiosa* gepresenteerd, dat nieuwe inzichten biedt in de stofwisseling van deze plantpathogeen, waaronder een onbekend acetaatmetabolisme en de experimenteel bevestigde productie van virulentie-gerelateerde polyaminen.
GlycoDiveR is een open-source, modulair R-framework dat de analyse en visualisatie van complexe glycoproteomicsdata stroomlijnt door specifieke datastructuren te bieden die de microheterogeniteit van glycane rekening houden en zo de toegankelijkheid van deze analyses voor onderzoekers vergroot.
Dit onderzoek integreerde longitudinale multi-omics-data van 101 gezonde individuen om drie reproduceerbare immunotypen te identificeren en hun genetische associaties te onthullen, waardoor een systeemniveau-inzicht wordt verkregen in de interindividuele variabiliteit van het menselijke immuunsysteem.
Deze studie toont aan dat het TransComp-R-rekenkader, dat transcriptomische kenmerken van muismodellen vertaalt naar menselijke late-onset Alzheimer, succesvol nieuwe medicijnen voor de slaap-waakcyclus heeft geïdentificeerd en dat suvorexant bij mensen de fosforylering van tau in het cerebrospinale vocht verlaagt.
Dit onderzoek toont aan, zowel via computationele modellering als empirische data, dat systematische drift (DSD) voorkomt in de evolutie van plantemeristemen, waarbij het genotypische fundament van het ontwikkelingsproces voortdurend herschikt wordt terwijl het fenotype behouden blijft.
Dit onderzoek integreert metagenoom-schaal metabolische modellering en metabolomics om aan te tonen dat de microbiële interacties in de phycosfeer van *Microcystis*-bloeiën functioneel losstaan van de cyanobacteriële fylogenie, terwijl ze het metabolische repertoire uitbreiden en de ecologische structuur van deze bloeiën bepalen.
Dit onderzoek toont aan dat polyfosfaat, vrijgegeven door geactiveerde bloedplaatjes, de trombineproductie bij weefselfactor-geïnitieerde stolling onder stroming versnelt door de activatie van factor V en FXI te stimuleren, waardoor de stolling minder gevoelig wordt voor remming door TFPI.
Het artikel introduceert FASTERCC, een geoptimaliseerde versie van FASTCC die door het gebruik van structurele informatie voor het verwijderen van dode-einden en het corrigeren van reversibiliteit de doorlooptijd voor consistentietests en context-specifieke reconstructie van grote metabolische netwerken met een factor 20 verlaagt.
Deze studie toont aan dat een combinatie van circulerende miRNA's en eiwitsignaturen bij de presentatie van acute hartfalen bij kinderen met dilaterende cardiomyopathie een krachtige voorspeller is voor de klinische uitkomst, wat de weg vrijmaakt voor een betere risicostratificatie en inzicht in de onderliggende ziektemechanismen.
Deze studie introduceert X-Cell, een schaalbaar diffuus taalmodel dat, ondersteund door het omvangrijke X-Atlas/Pisces CRISPRi-dataset, de respons op genetische verstoringen in diverse cellulaire contexten nauwkeurig voorspelt en hiermee nieuwe inzichten biedt voor de ontwikkeling van fundamentele biologische modellen en geneesmiddelenontdekking.
Deze studie toont aan dat stochastische optimale controle-simulaties, die sensorische en motorische ruis integreren in een gedetailleerd loopmodel, inzicht geven in hoe variabiliteit in het looppatroon ontstaat door de afweging tussen inspanningsminimalisatie en het beperken van onzekerheid.
Deze studie presenteert een bewijs van principe voor een gekoppeld computationeel kader dat driedimensionale vloeistof-structuurinteractiesystemen combineert met een systeembiologisch model om de multi-schaal dynamiek van aortaklepverkalking te simuleren, waarbij mechanische krachten en biochemische signalering elkaar wederzijds beïnvloeden.
Dit onderzoek combineert een mechanistisch model met in vivo data om aan te tonen dat tumorcellen die zich hebben aangepast aan het botmicro-omgeving minder afhankelijk zijn van botafgeleide groeifactoren en daardoor minder reageren op remming van botafbraak, wat de noodzaak onderstreept van op tumortype afgestemde behandelstrategieën voor botmetastasen.
Deze studie toont aan dat verschillende hoog-vetzuren diëten langdurige, multi-omische veranderingen in het gastheer-microbioom interactome veroorzaken die, ondanks een terugkeer naar een standaarddieet, gedeeltelijk blijven bestaan als een vorm van 'microbioomgeheugen'.
Dit artikel introduceert BIRDkiss, een nieuw open-source model in R dat de impact van pesticiden op vogelreproductie voorspelt door een vereenvoudigde energiebudgetbenadering te koppelen aan toxicokinetische en toxicodynamische principes, waarmee de interactie tussen chemische stress en voedselbeschikbaarheid onder zowel enkelvoudige als gemengde blootstellingssituaties kan worden geëvalueerd.